《方案》提出，在省级、州市级以及县级层面实施改建、扩建和新建传染病医院，对距离州、市主城区较远的98个县、市、区人民医院感染性疾病科进行规范和提升。坚持“平战结合、重在应急、统一管理”的原则，计划投资54.1亿元，总投资超过65亿元。其中，基本建设37.25亿元，设备配置6.21亿元，负压病房及重症监护病房建设10.64亿元。
在设备配置方面，以基本满足重大传染性疾病诊治为原则进行配备，主要设备有计算机X射线断层摄影机(CT)、直接数字化X射线摄影机(DR)、呼吸机、全自动生化仪、结核检测设备等。
《方案》还要求各地要加快项目审批进度，落实项目用地，确保项目尽快落地;要加强人才队伍和学科建设，大力培养、引进专业技术人才，提前储备人才;要建立健全运行机制，强化综合医院的带动作用，确保传染病医院(院区)和感染性疾病科可持续发展。
