5项指导原则分别为医疗器械临床评价技术指导原则、决策是否开展医疗器械临床试验技术指导原则、医疗器械临床评价等同性论证技术指导原则、医疗器械注册申报临床评价报告技术指导原则、列入免于临床评价医疗器械目录产品对比说明技术指导原则。5项指导原则明确规定不适用于按医疗器械管理的体外诊断试剂，其中后4项指导原则明确规定适用范围为第二类、第三类医疗器械产品。
2017年9月4日，总局发布修订的《医疗器械分类目录》(以下简称“《目录》”)，自2018年8月1日起施行。修订的《目录》将医用轻离子治疗系统列出，属放射治疗器械中的放射治疗设备。定义为由轻离子加速器与粒子传输系统、束流应用及监测系统、安全治疗控制系统、治疗室控制装置、成像器、治疗床等组成的系统。其中轻离子指原子序数小于或等于氖(Z≤10)的离子种类。此处所指轻离子不包括电子，以便与医用电子加速器区别。主要包含质子治疗设备、碳离子治疗设备、质子/碳离子治疗设备、粒子治疗设备。管理类别为第三类医疗器械，适用上述5项指导原则。
2017年2月17日，国家卫生计生委办公厅发布了包括《质子和重离子加速器放射治疗技术管理规范(2017版)》和《质子和重离子加速器放射治疗技术临床应用质量控制指标(2017年版)》在内的15个“限制临床应用”医疗技术管理规范和质量控制指标的通知。2018年1月8日，国家食品药品监督管理总局发布《质子碳离子治疗系统临床评价技术审查指导原则》。
