长期以来，中国科学院的研究所大多实行课题负责人制(PI制)，PI制有其优点，但是，对于中国科学院高能物理研究所(以下简称高能所)来说，PI制在适应大科学研究模式时会出现很多问题。
高能所是中国科学院承担大科学装置相关任务较多的研究所，目前在建和建成运行的大科学装置有十几项。曾经，高能所采取的也是PI制管理方式，但随着大科学装置项目增多，研究所出现了难以同时完成多个大项目，难以调动课题组参与建制化基础研究和大科学装置建设的问题。
因此，从十多年前，高能所就开始尝试打破PI制，将课题组转变为行政组，再根据大科学装置项目任务从行政组抽调人员组成临时项目组，项目结束后项目组解散。
我们将这种科研组织模式称为“矩阵式管理”，它包括一横一纵，横向是行政体系，按照专业领域将研究人员划入不同的研究室和行政组;纵向是项目体系，根据不同项目任务组成项目组，包含项目指挥部、分总体、系统和分系统等具体单元。
矩阵式管理不仅为大科学装置的建设、研究和管理打开了通道，也有助于科研人员个人的学术发展。由于行政组依据专业来划分，因此，物理研究、探测器研制还是机械、控制等各领域的专业人员，都可以与同行讨论学术和业务问题，使个人专业能力得到提升。
这种管理方式与国际上相关大型国家实验室的管理体制非常相近，但它也存在一个隐患，即可能出现“大锅饭”“养懒人”的问题，因此我们配套了严格的考核体系。
高能所的考核体系以机构发展战略为核心，以提升研究机构竞争优势、保障可持续发展为目标，坚持定性与定量相结合、用人部门考核与所级考核相结合、部门考核与个人考核相结合的原则，在人员分类管理的基础上，实行分类考核;考核方式、指标与程序公开公平公正、简洁易行;考核结果直接与奖惩挂钩，保证激励的有效性。
比方说，为实现这种定性定量相结合的考核，我们组织评委会，不设前提，没有定式，被考核人以自己认为最合适、最能显示自己水平和成绩的方式，报告自己的工作内容、成绩、进展或是思路、过程，由专家评委们评判其成果、水平、价值、前途及意义，任何个人都不能干预评委会的评价结果。
总的来说，高能所现行管理制度包括两大块，一是矩阵式管理制度，二是考核评价制度。这套制度从开始试行到可以顺畅执行，我们大概摸索了五年左右。
目前，高能所已经实现了建制化的科研组织模式，全所一盘棋，无论是面对几百人的大项目，还是几十人的小项目，组织起来都可以游刃有余。
